Nejvyšším orgánem je Výbor Fondu. Výbor má 7 členů. Předsedou výboru je ministr. Místopředsedu a dalších 5 členů výboru jmenuje a odvolává vláda na návrh ministra. Jejich funkční období je čtyřleté.
Výbor je složen ze zástupců Ministerstva pro místní rozvoj, Ministerstva financí, Ministerstva průmyslu a obchodu a zbývající členové výboru jsou nezávislými odborníky. Předseda výboru řídí jeho činnost. Jednání výboru upravuje jednací řád, který schvaluje výbor usnesením.
Výbor Fondu projednává a předkládá ministru pro místní rozvoj:
- a) návrh rozpočtu Fondu;
- b) roční účetní závěrku Fondu a výroční zprávu o činnosti Fondu;
- c) návrh statutu Fondu a návrh změn tohoto statutu.
Výbor Fondu dále projednává a schvaluje:
- a) jednací řád Fondu a jeho změny;
- b) závažnější otázky související se správou Fondu;
- c) závažnější otázky vyplývající z realizace podpůrných programů;
- d) návrhy opatření k nápravě předložené předsedou výboru Fondu v případech nedostatků, na které předsedu Fondu upozorní dozorčí rada Fondu;
- e) návrhy ředitele Fondu na vytváření, změny a zrušení organizačních článků aparátu Fondu a jejich umístění;
- f) další návrhy předložené předsedou výboru Fondu nebo členy výboru Fondu.
Výbor Fondu může:
- a)projednat informace a návrhy předložené ředitelem Fondu;
- b) pověřit ředitele Fondu konkrétním úkolem, který jinak spadá do pravomoci výboru Fondu, s výjimkou věci uvedených v článku 5, odst. 1 tohoto statutu;
- c) vyhradit si k projednání nebo rozhodnutí konkrétní případ v realizaci podpůrných programů, který jinak spadá do pravomoci ředitele Fondu;
- d) uložit řediteli Fondu předložení informace nebo vysvětlení o kterékoliv otázce řešené ředitelem Fondu nebo aparátem Fondu,navrhnout ministru pro místní rozvoj odvolání nebo jmenování ředitele Fondu;
- e) navrhnout ministrovi pro místní rozvoj odvolání nebo jmenování ředitele Fondu.
Výbor Fondu zasedá podle potřeby, nejméně dvakrát ročně.
Ředitel je statutárním orgánem Fondu a jeho zaměstnancem.
Ve své funkci:
- a) provádí rozhodnutí a další opatření schválená a projednaná výborem Fondu;
- b) řídí práci aparátu Fondu a odpovídá za plnění jeho úkolů;
- c) je nadřízeným ostatním zaměstnancům Fondu;
- d) přijímá potřebná opatření k zajištění správy Fondu, k realizaci úkolů Fondu a k zajištění činnosti orgánů a aparátu Fondu;
- e) rozhoduje o uvolnění prostředků Fondu a o poskytování podpor podle programů poskytování státní podpory bydlení;
- f) má právo se účastnit zasedání výboru Fondu s hlasem poradním;
- g) má právo se účastnit zasedání dozorčí rady Fondu;
- h) je povinen splnit vyžádání dozorčí rady Fondu podle článku 6, odst. 2 písm. b) tohoto statutu;
- i) vydává organizační řád Fondu, pracovní řád Fondu, spisový řád Fondu, skartační řád Fondu a podpisový řád Fondu;
- j) přijímá opatření v pracovněprávních vztazích ostatních zaměstnanců podle zákoníku práce;
- k) přijímá opatření k organizační struktuře aparátu Fondu a rozhoduje o organizačních otázkách, vytváření, změnách a zrušení organizačních článků aparátu Fondu a jejich umístění předkládá ke schválení výboru Fondu.
K 1. lednu 2012 byl do funkce ředitele Státního fondu rozvoje bydlení jmenován Ing. Jiří Koliba

- ing. Jiří Koliba